1991年9月，对外贸易经济合作部筹建学校（全寄宿制）。

1992年9月，北京师范大学亚太实验学校前身——对外贸易经济合作部职工子弟学校（小学部）开学。

1995年9月，初中部、高中部成立。

2001年1月，北京师范大学接管；同年3月，更名为北京师范大学亚太实验学校。

2002年3月，经北京市教育委员会批准成为北京市办学体制改革试点学校。

2003年8月，获得招收外籍学生资格；同年，开始招收走读学生。

2016年，经北京市教委批复，由西城区教委颁发民办教育办学许可证，学校转为国有民办校。

2017年，学校恢复高中招生（2008年停招），同时获得学前教育资格。

2021年，学校党总支升格为党委。